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微波技术在灭菌中的应用其基本原理不仅应用了微波的热效应，同时也利用了微波的非热效应。通过微波的热效应许多微生物可以在瞬间被杀死，部分细菌的生物结构甚至会被完全破坏。其次，微波还存在着一定的非热效应，即在微波环境当中，细菌的空间结构以及蛋白质等成分可能会发生破坏，这就必然导致微波的物理生物活动受到较大的影响，对于部分细菌来说微波还会直接造成细菌的死亡。
现阶段微波灭菌已经具有较为广泛的应用基础，在食品行业当中也具有较为广泛的应用。与传统加热灭菌方式进行对比微波灭菌具有较大的优势，首先，传统加热方式灭菌只能将温度提升到100℃左右，而微波加热则可以获得更高的问题，因此相对于传统灭菌方式来说微波加热在灭菌彻底性方面具有较为广泛的应用。
微波杀菌优点
1.时间短且速度快
微波利用其选择透射作用，使食品内外均匀，迅速升温杀灭细菌。处理时间大大缩短。在强功率密度强度下甚至只要几秒或数十秒即达满意效果。
2.低温杀菌可保证食品质量
微波杀菌比常规热力杀菌在较低温度、较短的时间内就能获得较好的灭虫杀菌效果，而且无外来物污染，能够保留更多的有效成分，保持原有的色、香、味等。
3.杀菌彻底
微波的穿透性使表面与内部同时受热，并且热效应和非热效应共同作用，杀菌效果好。
4.效率高，节约能源，操控方便
